Patlıcan: Şakşukanın başrolüdür. Yazın bol güneş görmüş, çekirdeği az, etli patlıcanlar seçilmeli. Acısını almak için doğradıktan sonra tuzlu suda bekletilmeli, ardından güzelce kurulanmalıdır.

Biber: Hem yeşil hem kırmızı biber kullanılabilir. Etli ve sert biberler kışlık hazırlık için daha dayanıklıdır.

Kabak & Patates (isteğe bağlı): Kabak tazeyse kullanılabilir; patates ise çok uzun süreli konserve için önerilmez çünkü yapısı bozulabilir.

Domates: Sosun temelini oluşturur. Bol etli, sulu ve kabuğu kolay soyulan domatesler tercih edilmeli. Kabuğu mutlaka soyulmalı ki sos pürüzsüz olsun.

Geleneksel şakşuka sebzeler kızartılarak yapılır. Ancak kışlık hazırlıkta fazla yağ sebzeleri ağırlaştırır ve uzun saklama süresinde bozulmaya yol açabilir. Patlıcan ve biberler kızartılırken az yağ kullanmak veya fırında közleyerek hazırlamak daha sağlıklıdır. Böylece hem hafif olur hem de daha uzun süre dayanır.

Şakşukanın sosu, bol domates, sarımsak ve az biberle hazırlanır. İçine az miktarda tuz, şeker ve zeytinyağı eklenir. Şeker, domatesin asidini dengeler ve lezzeti artırır. Sos uzun süre kaynatılarak suyunun uçması sağlanmalı. Ne kadar kıvamlı olursa, saklama süresi o kadar uzar. İsteğe göre acı sevenler kırmızı pul biber ekleyebilir.

Kavanozlar ve kapaklar kaynar suda steril edilmelidir. Temizlenmemiş kavanozlar şakşukanın bozulmasına yol açar. Sebzeler kavanozlara doldurulduktan sonra üstlerine hazırlanan domates sosu dökülmelidir. Sebzeler sosun içinde tamamen kaplanmalı, boşluk kalmamalıdır. Kavanozu ağzına kadar doldurmak, içinde hava kalmasını engeller. Kışlık şakşuka kavanozları serin, kuru ve güneş almayan bir yerde muhafaza edilmelidir. Açılan kavanoz mutlaka buzdolabında saklanmalı ve birkaç gün içinde tüketilmelidir.